內共生理論的證據

粒線體和葉綠體起源於古代細菌內共生的證據如下：

1.它們被兩層或更多的膜所包被，其中最裏面一層的成分與細胞中其它膜的都不同，而更接近於原核生物的細胞膜。另外有更多層的多次內共生生物的存在被發現。

2.新的粒線體和葉綠體只能通過類似二分分裂的過程自己形成。在一些藻類以及眼蟲(Euglena)中，可以用藥物或長時間缺乏光照來破壞葉綠體而同時不影響細胞。這種情況下，細胞喪失的葉綠體將不能夠自行再生。

3.胞器的核糖體和細菌相似，細菌的核糖體是70S，粒線體的核糖體是55S。

4.葉綠體的很多內部結構和生物化學特徵，如類囊體的存在和某些葉綠素和藍細菌使用的蛋白質很接近。

5.可以抑制真細菌蛋白質合成的抗生素也可以抑制粒線體和葉綠體蛋白質的合成，但不能抑制真核生物細胞質的蛋白質合成。

6.對細菌、葉綠體和真核生物基因組構件的系統發生樹同樣支持了葉綠體與藍細菌更接近。

7.葉綠體存在於很多完全不同的原生生物中，這些生物普遍和不包含葉綠體的原生生物更接近。這表明了，如果葉綠體起源於細胞的一個部分，很難解釋他們多次分開起源而互相又非常接近的假設。

8.一些核中編碼的蛋白被轉運到胞器中，而粒線體和葉綠體的基因組相對於其它生物來說都小得多。這和內共生物形成後越來越依賴真核生物宿主相一致。

9.DNA序列分析和系統發生學表明了核DNA包含了一些可能來源於外部的基因片段，極可能是葉綠體的基因。

10.粒線體和葉綠體都含有DNA，這些DNA與細胞核中的很不同，卻類似細菌的DNA（共價、閉合、環狀的形狀及其大小）。

11.粒線體具有和真核宿主細胞不同的遺傳密碼，這些密碼與細菌和古菌中的使用的編碼很類似。

12.胞器的大小與細菌相當。